苏联解体后，米格-31警戒防御空中边界的作用没有丝毫改变。鉴于装备米格-31的部队全部位于俄罗斯领土，新俄罗斯装备米格-31的数量、功能并未发生变化。

1994、1999年，米格-31投入车臣战争，遂行监控战场上空态势的任务，履行预警机的功能。二十一世纪初，米格-31多次与苏-30歼击机、A-50预警机一起演练如何拦截假想敌。

图-22MR和图-95在米格-31的掩护下在日本海上空徘徊，贴近日本边界，日本举国震动，非常紧张。

总之，米格-31是一种十分高效的飞机。但另一方面，这是一种难以驾驭的飞机。从一开始米格-31就伴随着各种事故。从投入使用到2000年，一共发生了35次航空事故，其中12起一等事故。根据调查结果，19次是飞行员的过失。一等飞行事故中牺牲了16人。

奇怪的是，事故的主要原因并不是米格-31的设计缺陷，而是机组的飞行时数明显不足。米格-31对操控要求很高，不能容忍油门杆、驾驶杆剧烈摆动。实践表明，事故中飞行员的飞行时数只有每年30-40小时。显然，在危机时代这明显不足。前苏联时期歼击机飞行员每年飞行150-170小时，而美国——约200小时。米格-31在操控方面比米格-29或苏-27复杂得多，不会原谅与驾驶技能低下相关的错误。

随着俄罗斯空军的形势逐渐恢复正常，产生了积极的影响：2000年至今与米格-31有关的飞行事故总共20起，其中一等飞行事故只有3起，5人牺牲。

总之，趋势向好，因为飞机毕竟消耗了一定资源，而且一些装备存在故障。和从前一样，经常是飞行员的失误和复杂的气象条件，但事故开始变少。

敌人高度评价这一截击机。当然，许多双眼睛紧盯着米格-31。美国专家公开称米格-31是“苏联主要的威慑力量”，恰如其分。