按照试验阶段的公开测试数据，在指示空速40kn（节）以上进行STOVL操作时，俯仰控制通过水平尾翼的偏转和推力分解（thrust split）共同完成；滚转控制通过差动襟副翼、差动水平尾翼和滚转管共同完成；偏航控制通过方向舵偏转和3BSD侧向偏转共同完成。根据飞行条件，操纵混合器定位气动操纵面和推进操纵器的偏转。在40kn空速以下，气动面置于预先确定的悬停位置。在空速60kn以上的俯仰和滚转状态下，FLCS为一种速率-命令系统。在空速60~50kn之间，由姿态命令系统调节控制规律。在低于空速50kn状态下，飞机自动配平到3°抬头姿态。在空速50kn以上，FLCS为侧滑命令系统；在空速50kn以下，FLCS则为偏航速率控制系统。推力通过油门直接控制。推力矢量角通过矢量推力杆控制，这种杆能感知命令的输入和停止，而且每一个命令均带有喷管位置的提示。采用减速板电门，喷管可从推力矢量杆要求的位置自动推到10°偏置位置。

STOVL操纵器通过全权限数字式电子控制（FADEC）系统执行命令。FADEC的每一个通道对正在使用的和备份的电子-液压伺服阀提供一项当前指令。两个FADEC通道在不损失其控制裕度的前提下可以分别控制一个操纵器。如果FADEC测得正在使用的电子-液压伺服阀的工作没有达到满意程度，就会发出切换到备份电子-液压伺服阀上的指令。3BSD通过一个独立的电子-液压伺服阀承担2/3的操作。在不理想的工作状态下，用FADEC承担这种2/3的制动。分析和模拟试验表明，在整个切换期间，采用这种2/3的制动技术，飞机可以完成STOVL转换。

从F-35B飞机的推进系统结构上来看，区别于其他型号的F135发动机。其主要区别在于尾喷管和升力风扇。F-35B战斗机STOVL型推进系统采用了把隐身轴对称喷管与推力矢量进行集成的三轴承旋转模块（3BSM）。升力通过轴驱动升力风扇系统进行增强，以提供额外垂直升力。