2月4日，伊朗民众在首都德黑兰参加以色列空袭叙利亚期间丧生的伊朗伊斯兰革命卫队军事顾问的葬礼。（视觉中国）

阿以冲突中穆斯林与犹太教徒之间的宿仇被视为中东宗教问题的核心。伊斯兰教与基督教的矛盾和冲突也由来已久。而伊斯兰教内部不同教派之间的矛盾主要体现在什叶派和逊尼派之间。美国智库外交关系协会（CFR）2023年4月曾发文，称全球有16亿穆斯林，大约85%是逊尼派，剩下的约15%是什叶派。英国《金融时报》2016年曾发文，称伊朗是世界上最大的什叶派国家。此外，什叶派在伊拉克、巴林等国占人口多数。在黎巴嫩，什叶派虽不是人口最多的，但拥有强大的政治影响力。在科威特、沙特、土耳其和叙利亚，什叶派都占少数，但叙利亚总统巴沙尔·阿萨德家族所属的阿拉维派是什叶派的分支。在也门，什叶派分支宰德派占该国人口40%左右。有学者表示，1980年爆发的两伊战争深刻体现了不同教派之间的矛盾。

伊斯兰教不同教派之间的矛盾在伊拉克也有体现。该国大体上包含逊尼派、什叶派和库尔德人三支政治力量。2003年后，什叶派逐步成为伊拉克最大的政治力量，但是逊尼派仍然在部分地区占据主导，而库尔德人则在伊拉克北部库尔德自治区内拥有较大的自主性。

伊斯兰教同一教派内部也会爆发冲突。CFR发表的文章称，两伊战争期间，伊拉克的什叶派构成了与伊朗作战的伊拉克军队主力。胡塞武装是什叶派分支宰德派组织，但在2004年至2010年期间，曾多次与也门萨利赫政府作战，而萨利赫也属于宰德派。无论是主流逊尼派还是强硬逊尼派，都不只专注于打击什叶派。他们在历史上一直与同教派的人作战，近期的例子包括埃及对穆斯林兄弟会（穆兄会）进行持续镇压，以及沙特对“基地”组织和相关逊尼派武装组织进行打压。