哈萨克斯坦独立之初，民族主义情绪高涨。俄罗斯则要求归还苏联“划”过去的6个州，并承认双重国籍，遭到哈萨克斯坦拒绝，两国关系紧张。为了巩固政权，纳扎尔巴耶夫在全国推行“族权化”，把没什么人说的哈萨克语，定为国语，并在重要岗位提拔哈萨克人。只用了10年，哈族在国家管理高层中的比重，从50%提高到75%。1994年地方选举，占总人口17%的俄族，只获得7%的席位，他们自然感到排挤与歧视，许多人选择离开。更激进的，哈萨克斯坦北部有三个州，俄族人口过半，有人鼓吹“民族自决”，要求并入俄联邦。在当地长期生活的哥萨克人，宣称自己既非俄族，也非哈族。他们与俄罗斯境内的哥萨克组织联系，成立武装，要搞“自治共和国”——真是“彼时彼刻，恰如此时此刻”。

此时处理稍有不慎，整个国家的下场，就是今天的乌克兰。面对烫手山芋，纳扎尔巴耶夫先稳住俄罗斯，签署了两国《友好合作互助条约》，同意加强经济合作，哈萨克斯坦做俄罗斯的小弟，换取俄罗斯不破坏边界的保证。在国内，纳扎尔巴耶夫一边颁布《移民法》，由政府提供保障，鼓励海外的哈萨克人回国；另一边推动迁都，调整行政区划。他选择迁都阿斯塔纳，固然是照顾国内三个玉兹间的势力平衡，但也达成了首都“哈族化”的目的。全国从19个州撤并为14个，新区划下，没有任何一个州俄族人占多数。俄罗斯有不满，但纳扎尔巴耶夫一手外交安抚，做得很到位。1998年，两国签署《面向21世纪同盟关系的宣言》，事实上确立了同盟关系，必要时互相提供军事支援。

当然，纳扎尔巴耶夫并不甘心做“陪衬”。他对哈萨克斯坦的定位很清楚，资源丰富却身处内陆，没有出海口，距离北半球经济中心太远。资源卖不出去就是废品。还有个庞大邻居，整天惦记自己家的坛坛罐罐，没准哪一天不请自来，上门“认领”了。哈萨克斯坦地处中亚十字路口，属于各方必争之地。如果完全倒向俄罗斯，只会失去国家独立，挣一成还是两成，全看人家眼色。如果像乌克兰那样跪舔西方，又“远水救不了近火”，整天要挨俄罗斯耳光。所以，哈萨克斯坦承认俄罗斯实力与地位的同时，不能“一边倒”，而是借助外部力量，来平衡区域大国的影响力。纳扎尔巴耶夫明确说，对俄关系，是哈萨克斯坦外交的核心，但中亚地区的稳定，要取决于美国、俄罗斯和中国的三角关系。独立之初，哈萨克斯坦宣布对外开放，欢迎西方资本进入，共同开发里海海底的油气资源，这引发了俄罗斯的不满。但在双方签署的文件中，俄罗斯就里海划界问题，还是向哈方妥协。