分治的仓促性与克什米尔的未决地位，为印巴未来的冲突埋下了根源。同时，大规模人口迁移，重塑了身份认同。“分治难民”在印度与巴基斯坦被边缘化，德里与卡拉奇的难民定居引发了住房与经济危机。印度教民族主义与穆斯林民族主义的对立，在分治中被进一步固化——国大党推广“世俗印度”，穆斯林联盟则强调“伊斯兰巴基斯坦”。克什米尔的“克什米尔性”身份则因分治被压制，本地穆斯林既不完全认同印度，也不完全支持巴基斯坦。

分治还奠定了印巴“持久竞争”的地缘政治格局。克什米尔冲突成为核心，三次印巴战争（1947、1965、1971）、1999年卡吉尔冲突及印巴核武化（印度150枚、巴基斯坦160枚核弹头），使冲突日益具有全球风险。2019年，印度废除宪法第370条款，撤销克什米尔地区的自治地位，允许非本地居民前往定居，引发当地人抗议，最终再次招致印巴交火。分治的领土争议与身份认同分歧，在克什米尔地区一直持续发酵。

电影《大地》（Earth）剧照，故事以印巴分治为背景。

加拿大籍印度裔学者保罗（Thazha Varkey Paul）在《印巴冲突：持久的对抗》一著中指出，克什米尔冲突的起源不仅是宗教分歧，更涉及地缘政治和国家构建的竞争（T. V. Paul The India-Pakistan Conflict: An Enduring Rivalry. Cambridge University Press，2005）。分治后，印度追求世俗民主的“大国”身份，而巴基斯坦则以穆斯林国家为定位，试图通过克什米尔问题证明其合法性。克什米尔的战略位置（控制印度河水源、连接中亚和南亚），更使其成为地缘政治的焦点。

萨敏达则强调，分治不仅分割了土地，还重新定义了公民身份和归属感，导致了克什米尔地区的“双重边缘化”——既被印度视为“内部”领土，又被巴基斯坦视为“未完成的分治”。例如，巴基斯坦对克什米尔难民的安置政策和印度对克什米尔穆斯林的“忠诚”审查，强化了双方的敌对叙事。