《报告》提到，菲渔船和军舰舰上人员在渔业活动中弃置的渔网渔线等也对珊瑚礁生态系统健康造成了严重影响。当弃置海中的渔网、渔线、绳索等缠绕在珊瑚表面时，不仅会造成珊瑚折断、死亡，还会导致珊瑚捕食困难、营养不良或易受细菌感染，进而影响珊瑚健康生长和繁殖。另外，珊瑚礁生态系统中的高级消费者如鲸豚类、海龟等大型动物误食这些渔业弃置物，或被其缠绕，都会导致这类大型动物健康受损甚至死亡。与此同时，菲律宾渔船和舰上人员在该海域的长期捕捞活动造成礁区甲壳类、双壳类、腹足类等经济型生物锐减。这都严重威胁到仁爱礁生态系统的健康。

《报告》认为，菲方军舰长期非法“坐滩”已严重损害仁爱礁珊瑚礁生态系统的多样性、稳定性和持续性。菲方应该将军舰清走，消除污染源，避免继续对仁爱礁珊瑚礁生态系统造成持续性和累积性危害。

中国南海研究院海洋科学研究所副所长陈相秒对《环球时报》记者表示，包括仁爱礁在内的南沙群岛是中国固有领土，而在此区域进行生态环境调查，也是中国行使主权和管辖权的一种方式。调查结果显示，菲律宾军舰不仅在仁爱礁非法“坐滩”，并且排放废水、弃置垃圾，还没有采取应有的保护措施，已严重破坏了区域内的珊瑚礁生态系统。

陈相秒认为，《报告》有力展示出，真正的区域生态环境“破坏者”的是菲方。