F-35B结构设计复杂也带来了其维护保障难度大增，无论是可偏转尾喷管，还是座舱后部体积巨大的升力风扇，都要进行长时间的精心维护。如果在起飞以及着舰过程中，可偏转尾喷管或升力风扇出现故障，都有可能导致机毁人亡。另外，在短距起飞时，F-35B战机的载弹量以及机内燃油量都要受限，虽然采用滑跃式飞行甲板能够增加起飞重量，但是依然无法与弹射起飞舰载机相比，而在垂直着舰时，也规定F-35B战机不能太重。在很多情况下，飞行员必须消耗掉相当一部分燃油，才能实现垂直着舰。此外，由于升力风扇占用了很大一部分机内空间，也导致F-35B战机的载油量相比其他两个型号少了很多，作战半径大大缩短。

KF-21N舰载机采用了折叠机翼，减少在飞行甲板以及机库内停放占用的面积。

而最让韩国人头痛的就是外销版F-35战机的密码锁问题。据韩国媒体报道，韩国空军现役的F-35A战机在每次执行飞行任务之前，必须先要连接Link16数据链网络以获取美方授予的密码，才能让飞控系统正常工作。否则，F-35A战机就只能在地面上“趴窝”。据称，美国在所有外销的F-35战机上几乎都留有这一“后门”，主要是提防韩日以及欧洲等所谓的“盟友们”某一天会用这款美制隐身战机来对付美国自己，所以，理论上美国可以监视每一架连入Link16数据链网络的外销版F-35战机，并且通过预留的后门来对其实施控制。

对此，韩国空军即便叫苦不迭，也无可奈何，毕竟F-35是该国唯一能够采购得到的高性能隐身战机。但是，对于韩国海军来说，如果同样采购F-35家族的F-35B毫无疑问也会遇到与韩国空军相同的问题，而海上作战的特殊要求，根本不可能让韩国海军接受必须先用美方提供的密码开锁的条件。再加上F-35B战机的其他几个不足和缺陷，使得韩国海军更希望能够拥有一款自己说了算且性价比更高的舰载战斗机。为了满足韩国海军这一需求，KAI公司便提出了从KF-21发展而来的KF-21N舰载战斗机，以代替从美国采购的F-35B战机。而且，以陆基战斗机为基础，改进研发舰载战斗机也是大多数国家的通行做法。