哈梅内伊在马什哈德的伊斯兰学校完成了小学教育，随后进入了马什哈德的伊斯兰经学院深造，师从著名伊斯兰学者谢赫哈希姆·加兹维尼和大阿亚图拉穆罕默德·哈迪·米拉尼。自1957年起，哈梅内伊进一步前往什叶派在伊拉克和伊朗的两大圣城——纳杰夫和库姆——接受伊斯兰经学院的高等教育。

在库姆期间，哈梅内伊与多名具有影响力的什叶派法学家建立了密切联系，其中就包括著名的什叶派学者博鲁杰迪和伊朗伊斯兰共和国的创建者霍梅尼。此时的霍梅尼已经因反对伊朗国王而在经学院内广受学生欢迎。1962年，哈梅内伊加入霍梅尼领导的反对巴列维王朝的宗教运动中。

哈梅内伊与其他许多反感伊朗君主制的宗教人士一样，积极投身于政治活动而非宗教学术研究。1953年，巴列维国王在美国和英国情报机构的支持下发动军事政变，推翻了民选的伊朗总理摩萨台。1963年，哈梅内伊受霍梅尼委派，在向霍拉桑地区的经学院学生和宗教团体传递革命思想并揭露巴列维政府暴行时，被当局逮捕。在哈梅内伊的革命斗争中，他曾六次被巴列维王朝的秘密警察机构萨瓦克逮捕，一度被流放至伊朗东南部偏远城市伊兰沙赫尔长达三年。

两伊战争塑造了政治理念

上世纪70年代末的伊朗伊斯兰革命是哈梅内伊政治生涯的真正起点。1978年，哈梅内伊返回家乡马什哈德并继续从事反抗巴列维王朝的活动。不久，流亡法国的霍梅尼联系哈梅内伊，要求他继续抗争并为霍梅尼返回伊朗做好准备。同年，在霍梅尼要求下，革命者成立了伊斯兰革命委员会，哈梅内伊被霍梅尼任命为该委员会成员。直到推翻巴列维政权并筹建新政府，伊斯兰革命委员会的成员几经更迭，哈梅内伊一直是其常任成员。