哈梅内伊最终于1989年8月被专家会议正式选举为伊朗最高领袖。“我认为我不配担任这个职位，或许你我都明白这一点。这只是象征性的领导，而不是真正的领导。”哈梅内伊在继任最高领袖时说道。

自视霍梅尼道路的坚定继承人

哈梅内伊成为伊朗最高领袖至今，历经拉夫桑贾尼、哈塔米、艾哈迈迪-内贾德、鲁哈尼、莱希和佩泽希齐扬六任总统。尽管他较少直接插手行政事务，但仍拥有包括人事任免权在内的重要权力，并将伊朗的大政方针决定权牢牢掌握在自己手中。哈梅内伊将自己视为霍梅尼道路的坚定继承人，坚定维护伊朗伊斯兰共和国的“教法学家监护”制度，希望将伊朗打造成“反抗美国和以色列压迫”的地区领导国家。

在哈梅内伊继任最高领袖初期，伊朗正致力于从两伊战争的创伤中恢复。战争造成超过100万人丧生，经济遭受重创。伊朗民间则同时存在两种声音：由于伊拉克军队在战争中对伊朗军队和平民使用化学武器并使用导弹袭击平民目标，而西方国家对此视而不见，许多伊朗民众感到强烈不满；与此同时，伊朗民众的革命热情有所消退，人们因长期战争而感到疲惫不堪，渴望看到伊朗推行对外开放并获得急需的经济投资。

面临内忧外患的局势，哈梅内伊展现出了高度务实的一面。在1997年改革派领导人哈塔米赢得总统选举后，伊朗开始试图与西方国家和解，推动“文明间对话”。哈梅内伊一方面支持哈塔米的改革行动，一方面又试图对改革步伐加以控制。批评人士认为，哈梅内伊可能担忧改革计划对既有制度构成威胁。

与此同时，哈梅内伊致力于加强伊斯兰革命卫队在伊朗政治体系中的地位。在他的领导下，革命卫队逐渐从一个准军事武装力量，转变为一个强大的安全、政治和经济集团，拥有完全的自主权和一套独特的内部培养和晋升体系。