2017年6月29日，台军正式组建“国防部参谋本部资通电军指挥部”，当时蔡英文亲自主持编成典礼。该指挥部依然直属于台军方“参谋本部”，指挥官从少将编制调升为中将编制。2021年，蔡英文又提出“资安即国安2.0战略”。2022年1月1日，“国防部参谋本部资通电军指挥部”正式升格为“国防部资通电军指挥部”，直属于台当局“国防部”，直接向“国防部长”负责，不再由“参谋本部”统管。

前台湾陆军副司令吴斯怀表示，电子战与网络战当然重要，但这些单位本质上已经高度精英化，所需人员规模不大，当初蔡英文为实现“第四军种”概念，硬从其他单位拉人头凑数，却不顾部队“通资”业务与网络战、电子战其实是两回事，导致台军指挥、信息与预算等都出现“断链”状况。另一名台军退役中将也批评称，“部队通信”不等于“通信部队”。台军此前的政策造成权责不清、人事与业务等方面混乱，“军中都知道问题在哪，但谁也没办法改。所谓‘朝令既有错、夕改又何妨’，只是这个‘夕’也拖得太久。”

台湾“国防安全研究院”委任副研究员揭仲也表示，相关通信部队回归台湾陆军编制，有助于改善台湾陆军野战部队对“资通电”作业不了解，以及“资通电”部队对野战战术不熟悉的缺失。但如此来回折腾，台军地面部队的“资通电”作战能力也未明显增加。

值得注意的是，台湾“防长”顾立雄宣称，在此次重组之后，“资通电军”将成为专业性部队，专注于网络战与电子战，“未来还会陆续滚动式检讨编制，加强专业人才的培育，并考虑进一步与负责截听电讯情报的电展室合作”。

大陆通缉起到“杀鸡儆猴”效果

近年来，台湾“资通电军”多次试图对大陆发动网络攻击。2025年6月，国家计算机病毒应急处理中心、计算机病毒防治技术国家工程实验室和360数字安全集团联合发布《“蚍蜉撼树”——台民进党当局“资通电军”黑客组织网络攻击活动调查报告》，公开揭示“资通电军”在网络攻击方面的真面目。该报告显示，“资通电军”统合台军方、“政府”与民间网络技术力量，被称为“台湾最神秘的部队”。该部队伪装成多个黑客组织，通过漏洞扫描、密码爆破、钓鱼邮件攻击等初级网攻手法，试图窃取大陆地区的敏感数据和重要情报信息。但这些台湾“网军”整体技术水平有限，国家计算机病毒应急处理中心的高级工程师杜振华此前接受《环球时报》记者采访时表示，台湾“资通电军”实施网络攻击时暴露了大量攻击源信息，追踪溯源难度不大，为我们快速锁定攻击人员提供了有利条件。此外还有网络专家表示，“资通电军”相关人员在历史上有多次极其不专业的操作，例如个人文档信息存储于攻击资源服务器，在制作一些诱饵文档和钓鱼页面时留下容易查证的痕迹，导致在前期侦察、攻击过程中漏洞百出。