尽管台湾“国防部”表示，相关通信部队改隶台湾陆军，是为统筹“通资”能量与兵力运用，使指挥扁平化、提升“指管”效能，迅速支持部队作战。但岛内专家批评称，电子与网络战力的强化，和一般部队“通资”业务是两回事。当初为兑现所谓“第四军种”设想，台军不顾基层单位意见，反而影响战力。台军当初提出“资通电军”时俨然“引领潮流”，但在成立时已经七折八扣，实际运作更是鸡飞狗跳，却一拖多年，直到相关人事彻底“洗牌”，才“默认当初错误”。

组建之初就争议不断

事实上，“资通电军”从组建之初就充满争议。据介绍，“资通电军”可溯源到1964年9月16日台湾国民党军队各军种通讯队整并成立的“国防部统一通信指挥部”。该指挥部为台湾军方网络通信统筹单位的前身，为台湾军事部门直属三级机关。2001年，台湾军事部门成立“国防部通信资讯指挥部”，负责台湾军事系统通信网络系统运作、网络攻防能力的整备与运用，并执行网络信息安全、网络安全事件应对、电子战等任务。这是台当局第一个统筹全岛网络安全的军事单位，隶属于台湾陆军。2004年，“通信资讯指挥部”改编为“国防部参谋本部资电作战中心”，直属于台军方“参谋本部”，专司成立一批“电子作战组”，负责拟定电子战计划、推动政策与管理分配频谱等任务。同时，将其原先成立的训练班调整为“资电模拟训练中心”，作为统一训练网络人才的机构。

马英九执政时期，民进党智库“新境界基金会”提出蓝皮书，最引人瞩目的主张是成立第四军种“资电作战军”，成员由原本三军通信部队、电子战与网络战单位、电子情报搜集单位等组成。蔡英文上台后，蓝皮书召集人陈文政担任“国安会”副秘书长，开始落实相关政策。其实当时台湾军方就提出明确的反对意见，认为“资通电军”所提及的各类单位，业务与形态并不相同，无法硬凑成一个新军种。但迫于政治压力，台军最终决定将负责通信与电子战的台军“资电指挥部”更名“资通电军指挥部”；再抽调台湾陆军各军团、地方防卫部的“资电群”与“通资连”，改称“资通作业大队”与“资通作业队”。