从海湾战争到20世纪90年代末是联合情报行动中心的初步发展阶段。为了打赢伊拉克，国防情报局在五角大楼国家军事情报中心成立了特别情报工作组，协调军地各大情报单位获取情报信息，为参联会作战与筹划部门提供直接支援，处理美军各大司令部向国家军事情报中心发送的情报需求清单。

1990年11月，战区联合军种小组(司令部联合情报行动中心)也正式组建，作为战时情报班子开展情报支援工作。各作战力量在信息技术支持下协作配合，紧密程度超越了机械化战争时代的协同，实现了现代意义上的真正联合。美军基于联合作战以及情报作为支援作战的力量体系与作战指挥体系整体联合的需要，初步建成了常设化的情报与作战协调机构体系。该机构体系各级中心分别对应作战指挥体系各指挥层级，全面协调情报支援体系与作战指挥体系整体联合。

伊拉克战争至今是联合情报行动中心的深度推进阶段。2003年的伊拉克战争是一场高度信息化的战争，标志着信息化战争形态的深层演变，开启了美军一体化联合作战的新阶段。美军一体化联合作战需要情报与作战高度配合，情报作为与作战同等重要的作战行动之一，需要与各阶段作战行动同步一体。美军基于情报与作战同步配合的需要，深度推进联合情报中心机构体系建设，在其基础上建立了联合情报行动中心机构体系。

该机构体系以“情报行动化”为目标，统筹情报行动与作战计划和实施同步一体。时至今日，美军已经成立了11个联合作战司令部，其中北方、南方、中央、印太、欧洲、非洲六大区域性司令部把全球分了一遍，网络空间、特种作战、运输、太空、战略五大职能性司令部是指挥美军开展各类职能作战的最高指挥机关，而联合情报行动中心无疑是他们中最重要的组成部分之一。