1981年，带着“恢复美国领导地位”使命的里根就任美国总统，再次重视与日韩之间的同盟关系。上世纪90年代初，朝鲜半岛核问题的爆发使日韩在防务方面加强交流，韩国时任总统金泳三1994年7月呼吁日本政府共同应对朝核危机。1998年10月，韩国总统金大中与日本首相小渊惠三举行会谈，双方表示要建立“日韩新型关系”，并发表《日韩共同宣言》。该宣言发布后，日韩防务合作开始呈现制度化的趋势。如1999年日本海上自卫队和韩国海军进行了首次战后搜救演习，此后约每两年举行一次。

然而，日韩之间的历史包袱并没有让两国防务合作升温太久。2001年日本新编历史教科书的问题让日韩关系再度降温，韩方宣布暂停一切与日本的防务合作，韩国国防部在声明中说：“两国军事交流应基于正确的历史认识与互信。”朴槿惠执政时期（2013年至2017年），其政府也多次要求日本“正确认识历史”，并将历史问题视为韩日关系发展的重大障碍，日韩防务合作制度化进展有限。

但与此同时，美国的介入也在推动着日韩防务合作。2011年年初，日韩开始就ACSA以及《军事情报保护协定》（GSOMIA）展开谈判，重要背景之一就是美国重新强调其在亚太地区的安全架构构建以及朝核问题的升温。当时，美国《华盛顿邮报》称，这是日韩迈出的“受到美国强烈鼓励的一步”。2012年6月，美日韩三国举行海军联合演习，此次演习被称为“三国首次正式三边联合海军演习”。美国战略与国际问题研究中心2014年的一份报告这样说道：“当日韩之间政治氛围不理想时，美国在推动两国走近方面的作用至关重要。”

2016年11月，日韩正式签署《军事情报保护协定》，这让日韩有了防务合作之实，也是日韩双方直接签署的首份防务协定。《韩国时报》称，这意味着两国在军事情报保护和共享方面达成制度性安排，允许双方在不经由美国的情况下直接交换涉密军事情报。