99式坦克采用中国较新型的VHF-2000型坦克通信系统，具备抗干扰能力，可靠度高且易于维修，电磁相容性也十分良好，多台同型通信机能同时工作而不互相干扰。99式坦克装有一具激光通信/敌我识别系统，安装于炮塔后部右侧上方，以激光光波作为载波传递讯号，具备收发敌我识别编码、数位指令传输及语音通信等功能，并具有发展为激光搜索系统的潜力；
99式装有一具9602型GPS导航定位系统，其接收天线安装于坦克炮塔尾舱右侧顶部，负责接收并放大导航卫星的高频定位讯号，并转为中频讯号送入位于炮塔战斗室内右侧的中频讯号盒；GPS的显示控制器安装于炮塔座圈内侧右下方，将导航资讯投射于显示器上，并作为输入/输出指令的介面。9602型GPS定位系统系一种二频道C/A码接收机，能对四枚卫星按时分制进行时序观测，以L1载波上调制的C/A码进行续距测量，并由导航处理器即时求出三维的位置解与速度，且直接将经纬数值转换成中国军用网路的三维座标，进而计算出坦克位置、行进方向与速度。
99式安装有一挺炮长操纵的7.62毫米并列机枪和1挺车长操纵的12.7毫米85式高射机枪。 [13] 我国前后发展了120毫米和125毫米反坦克弹药，前者采用整装式结构，后者采用了分装式结构。125毫米坦克炮早在1985年就研发成功，经不断改进，定型后的125毫米坦克炮的膛压已高于120毫米坦克炮。最终安装在99式坦克上的是ZPT-98式50倍径125毫米高膛压光膛坦克炮。炮声身采用高强度 pcrni3nov，炮口动能比俄罗斯2a46m-1型125毫米坦克炮提高近45%，比“豹”2a5和m1a1/a2坦克上的rh－120型120毫米坦克炮高近30%。由于对身管实施了液力自紧技术，从而满足了高膛压火炮对身管强度的要求。为提高身管的耐烧蚀磨损寿命，火炮采用全膛镀铬工艺，使其寿命达到700发穿甲弹的水平，接近世界先进水准。为增强热防护效率，身管上安装了双层铝板气隙式热护套，防护效率为70%。
