99式仍沿用过去的机械传动与液压辅助手排变速箱系统，传动装置由传动箱、两个侧变速箱与同轴侧传动器组成，侧变速箱为二级行星齿轮式，带摩擦离合器，使用液压操作，每个侧变速箱内有2个闭锁离合器和4个机械式制动器，总共有7个前进档和1个倒退档；
在99改型上，中国以1200马力的150HB发动机为基础，开发新一代的1500马力大功率柴油机，以德国MTU MT883作为性能指标。此种新发动机以及新的传动系统已经安装于98式改坦克进行测试，并展现了80公里每小时的最大道路速度以及60公里每小时的最大越野速度。
在行走部分上，99式坦克采用两条双销挂胶履带（每条由85块履带板组成，总质量为2.1吨，使用寿命为10000公里）、6对直径为730毫米的双缘路轮、两对挂胶托带轮、两对挂胶托边轮以及主动轮和诱导轮组成，主动轮在后，诱导轮在前。在第一、第二和第六路轮上安装有液力套筒式避震器和“Z”形轴避震器。悬吊装置的扭杆沿底甲板横向布置，操纵装置的拉杆沿侧甲板布置。由于对扭杆进行了改进，路轮行程增至340毫米，从而使车辆平均行驶速度提高了12%，从停车状态加速到42公里/小时只需10秒。
99式坦克配备先进的指挥式数位坦克射控系统，较先前85-IIM以及90-II的系统更为先进。99式的射控系统整合有双轴稳定系统、车长瞄准仪、 炮手瞄准仪（含红外线热像仪与激光测距仪）、炮耳轴倾斜感测器、炮塔水平角速率感测器、横风感测器、数位射控电脑、操纵介面以及相关电路控制盒所组成。
99式坦克的射控系统稳定方式为“上反稳像”，也就是在瞄准器镜头的上反射镜的俯仰与回旋轴上加装陀螺仪来实施稳定，并以电子同步方式维持炮身与瞄准轴线的连动，即在上反射镜俯仰轴上安装一个角度传测器（称为上反射镜解算器），用于测量瞄准线与炮塔内某考物之间的角度偏差，此外在炮耳轴上也安装另一个角度传感器（称为炮耳轴解算器），用于测量炮身轴线与炮塔某参考物之间的偏差角。
