99式的原始设计参考了T-72，其底盘酷似一辆放大的T-72，换装一座新型焊接炮塔，这是85-IIM以来中国新型坦克惯用的炮塔构型。与先前85/90式坦克相较，99式坦克外观最容易辨认之处，就是车头的V字形档弹板，此种设计先前见于俄罗斯T-72坦克，主要用于防止弹片沿着车头击中炮塔环。
驾驶席设置于车头中央，驾驶舱盖为单片式，舱盖设有三具潜望镜，中央的一具可换成双目星光夜视镜，夜间有效使用距离约200米。炮塔战斗室内有两名乘员，车长位于炮身右侧，顶上的车长指挥塔舱盖四周设有5个潜望镜，炮手舱盖沿袭俄式的向前开启设计，指挥塔前方设有车长全周界瞄准仪。99式的炮塔战斗室空间比以往中国坦克更大，预留了安装更大口径坦克炮的空间。炮手席位于炮身左侧，炮手瞄准仪位于炮手舱盖前方。车尾发动机舱与炮塔战斗室之间以装甲隔绝，整个动力包件可以一次吊换。由于车内装备较多，99式的炮塔也比先前的90式略大一些。之后的99式改进型与原始设计外型上的差异就是炮塔正面的附加装甲和取消了正面V字形档弹板；99式的主要量产工作都集中在第二次的改良构型，原始设计只是一种过渡型号。99改进型炮塔正面的箭簇型装甲基本结构有两层，本体是一个中空的箱子，并在正面与侧面前部的外部再用增加一层装甲（以螺栓固定）；因此，装甲套件本身至少有外部装甲板与内部结构本体这两部分的装甲，而本体的中空结构也有助于消散HEAT穿甲喷流的威力。除了炮塔正面装甲之外，99式改进型车的体正面与炮塔两侧也加装不少方形装甲块（应为反应装甲）；炮塔两侧中部到整个炮塔尾部设置一个大型的整体储物架，中间可以加挂水箱等随车物品，而炮塔两侧的储物架外侧则设有装甲板；这个储物架能提前引爆敌方HEAT穿甲弹，在不增加太多重量的情况下，加强了炮塔两侧与后部的防护能力。
