相较于先前85-IIM、96式较为简单的“下反稳像”99式射控系统的“上反稳像”是与西方第一线主战坦克相同的方式，其瞄准器视线系独立稳定与动作，观测镜直接透过稳定系统使瞄准点与目标压在一直线上，此外别无其他因素制约；火炮武器系统也是独立进行稳定与动作，根据炮手对目标的瞄准点与测距结果（如果射控硬件允许，则也可跟随车长瞄准仪的瞄准点），由弹道数据处理计算机搭配所有相关参数来计算出火炮射击参数，包括仰角、横风、姿态补偿、前置量等等，使武器弹道与瞄准点重合。
主动对抗系统方面，99式坦克装有一套特殊的主动式激光警告/对抗系统，包括一具激光预警系统(Laser Warning Receiver，LWR，其接收机就是激光通信系统）， 以及炮手舱盖后方一具特殊的致盲激光发射器(Laser Self-defence Weapon，LSDW)。LSDW由激光压制机、干扰机（即气体激光发射器）、自动旋转基座、追踪系统以及微处理控制单元组成，采用数位式封闭循环控制。
当LWR接收到敌方激光标定器讯号后，系统便自动标定观测讯号来源的方位，并由车长或炮手决定是否启动LSDW展开对抗。炮手与车长席都设有LSDW的操控介面，按下按钮后，系统便在1秒内自动将LSDW对准目标。使用时，LSDW先向目标发射低能量激光，根据激光回波来标定位置，确实锁定后便发射高能致盲激光来干扰、破坏敌方光电感测器，甚至能伤害对方观测仪器操作人员的眼睛，而炮手与车长都可以操控LSDW。LSDW能对敌方激光测距仪、星光夜视镜、电视摄影机、光学瞄准仪、红外线热像仪等一切可见光/近红外线光学电子仪器实施干扰，使之饱和失效，甚至造成永久性破坏。LSDW水平旋转范围涵盖360度，俯仰范围介于-12~+90度，水平追踪角速率为45度/秒，俯仰速率40度/秒，激光输出能量1000兆焦耳，脉冲回复频率为10次/秒，最大使用距离约4000米，系统能连续工作30分钟，激光发射器的寿命为120万次。由于有效仰角甚大，LSDW甚至能用来对付敌方直升机的观瞄系统。
