考虑到日本国防预算增幅有限,F-35的成本就成为一个敏感问题。日本在2012年订购第一批货后曾警告美方,如果成本上升,日本将取消进一步采购F-35战斗机的计划。内阁官房长官菅义伟说:“我们在选择该型号飞机时曾要求制订计划的人严守价格和供应计划。日本经常把这个意思告知美方。”
从工业的角度说,日本也想通过在三菱重工设在名古屋的总装和测试工厂制造飞机的方式来实现成本效率。约4成交付给航空自卫队的F-35战斗机将在该厂生产。第一架飞机已于2015年12月开始生产。根据计划,三菱重工将生产部分机身;石川岛播磨重工将组装发动机;三菱电机将参加电子元件的生产。三家公司将制造和完成主翼、尾翼面和后机身的总装和测试。