印度主要信奉印度教，而巴基斯坦以伊斯兰教为国教。宗教信仰的差异在两国的文化、社会和政治生活中都留下了深刻的印记，成为印巴矛盾的重要根源之一。在印度，印度教民族主义近年来有所抬头，一些政策和行为被巴基斯坦视为对穆斯林群体的压制。例如，2019年印度取消印控克什米尔自治地位，这一举措被巴基斯坦解读为印度教民族主义的扩张，刺激了巴方更为激进地以宗教旗帜进行对抗。而在巴基斯坦，“宗教立国”的理念虽然在一定程度上增强了国家的凝聚力，但也加剧了国内的认同焦虑。为维持对印度的道义优势，巴长期将克什米尔穆斯林“受压迫叙事”作为国家凝聚力的支柱，甚至纵容跨境武装组织活动，陷入“反印度”比“建国家”更容易凝聚共识的怪圈。

克什米尔争端是印巴矛盾的核心与焦点。克什米尔地区位于印度、巴基斯坦、中国、阿富汗之间，战略位置极为重要。自印巴分治以来，双方为争夺克什米尔的主权，先后爆发了三次大规模战争以及无数次小规模冲突。第一次印巴战争（1947-1949年）后，印度控制了克什米尔地区大约2/3的土地与3/4的人口，巴基斯坦控制了另外1/3的土地与1/4人口。此次停火战争奠定了后来双方对克什米尔控制的范围，但克什米尔的归属问题始终未能达成统一意见。按照联合国的决议，克什米尔的归属问题最终必须由公民投票来决定，但双方后来在是否举行、如何举行公民投票的问题上始终无法统一意见。

第二次印巴战争（1965年）和第三次印巴战争（1971-1972年）后，印巴双方签署的《塔什干宣言》和《西姆拉协议》都要求双方通过和平手段解决争端，但关键的克什米尔归属问题仍未解决。此后，双方在克什米尔地区的武装冲突几乎从未中断。1999年的卡吉尔战争，是数次克什米尔边境冲突中最为严重的一次，再次凸显了克什米尔问题的敏感性和复杂性。