然而，巴以冲突的延宕，令伊朗与以色列的关系日趋紧张。报道指出，这令佩泽希齐扬政府与美国、欧洲国家改善关系的前景变得更加复杂。

尤其是佩泽希齐扬宣誓就职仅几小时后，来伊朗首都德黑兰出席仪式的巴勒斯坦伊斯兰抵抗运动（哈马斯）政治局领导人伊斯梅尔·哈尼亚就遭到暗杀。伊朗政府和哈马斯认定此系以色列所为，以方则按照“传统”既未否认也未承认实施“定点清除”。

9月27日，以色列又在黎巴嫩首都贝鲁特暗杀了真主党领导人哈桑·纳斯鲁拉和一名伊朗伊斯兰革命卫队高级指挥官。作为回应，伊朗10月1日晚间向以色列发射超过180枚弹道导弹，目标包括位于特拉维夫地区的以情报机构驻地和空军基地等。

10月26日，以色列国防军对伊朗多个地区军事目标展开报复性空袭，针对伊朗防空系统、导弹和无人机基地、武器生产基地等军事目标，造成4名士兵死亡。这是近年来以色列首次公开承认在伊朗境内实施军事行动，也有报道说，这是自上世纪80年代两伊战争以来，对伊朗发动的最大规模常规军事袭击。

伊朗武装部队总参谋部26日回应称，伊朗“保留在适当时机回应的合法权利，同时正在优先考虑在加沙地带和黎巴嫩达成持久停火”。一些外媒解读认为伊朗方面回应“克制”，表明德黑兰对地区局势潜在升级持谨慎态度。

另一方面，也有分析人士认为，以方表现同样“克制”。以色列国家安全研究所伊朗问题专家贝尼·萨卜提（Beni Sabti）26日对路透社表示，目前迹象显示“以色列希望结束这件事（空袭）”，并向伊朗传递上述信息，以方不想让局势继续升级。

伊朗最高领袖哈梅内伊27日接见殉职伊朗军人家属时表示，以色列的空袭“不应被低估，也不应被放大”。伊朗外交部同日证实，伊朗外长阿拉格齐致信联合国秘书长古特雷斯，呼吁安理会就以色列对伊朗的军事打击召开紧急会议，并强调伊朗保留应对以色列“侵略罪行”的权利。伊朗伊斯兰革命卫队司令侯赛因·萨拉米28日警告称，以色列将面临“痛苦的后果”。