但是，由于印度和东盟在安全战略上存在较大差异，各自对深化双边关系的诉求也不尽相同，特别是美国提出并深化“印太”战略后，印度一改此前反对“印太”、“小集团化”和“大国对抗”的立场，积极投身于与大国的权力博弈中，并热衷于构建小集团性质的地区机制，不仅持续升级印美双边战略合作，成为美“实质性防务盟友”，更是积极参与“美日印澳”四边安全对话，甚至邀请澳大利亚参加“马拉巴尔”联合军演，强化四国军事情报分享合作，这些都使得东盟产生了极大的警惕和戒心。

此外，印度与中国一直存在领土争端，近年来两国矛盾分歧也不时出现，东盟不希望被裹挟至中印之间的竞争和对抗中，使得“家门口”沦为大国博弈战场，因此在与印度开展合作时多有顾虑。与此同时，印度毕竟是南亚国家，在地理上处于亚太的边缘地带，在东盟主导国建立的多边机制架构中并非占据核心地位，因此东盟实施大国平衡外交并非将其视为关键支点国家，这也都会影响到未来东盟与印度发展防务合作的意愿，也使得未来东盟与印度的关系发展存在诸多不确定因素，难以实现实质性突破。