11世纪中叶基辅大公雅罗斯拉夫逝世，基辅罗斯随之四分五裂，雅罗斯拉夫的儿子们征战不休，内忧不止，外患复来。钦察人此时来到了乌克兰草原上，大肆屠戮、抢掠基辅罗斯的财富。连年的战乱导致第聂伯河流域人烟稀少和商路堵塞，据记载，11世纪中期到12世纪初,罗斯货币格里夫纳的含银量约为1/2磅,12世纪末13世纪初约为1/4磅,1230年诺夫哥罗德格里夫纳的含银量已不到1/8磅，货币含银量的下降直接导致货币信用的大幅降低，严重的通货膨胀不断地困扰基辅罗斯。

但是基辅罗斯的苦难远未结束，13世纪初，蒙古帝国在东欧建立金帐汗国，后基辅罗斯被金帐汗国征服。基辅罗斯诸公国中只有位于西部山地的加利西亚、沃伦地区未受蒙古人统治，这些地区现今多属于西乌克兰，天主教廷随之对其进行渗透，逐渐取代东正教成为西乌克兰地区的权威教派，就此埋下了宗教纷争的火种，这也正是今天乌克兰内部受西方影响较深信仰天主教的西部地区和信仰东正教受俄罗斯影响深厚的东部地区冲突不断，以及与俄罗斯关系日益恶化的重要原因。

另一部分基辅罗斯人则向东北方向避难，与之前基辅罗斯东北部的人汇合，随之建立了俄国的前身莫斯科大公国。从此时起，俄罗斯和乌克兰的恩怨情仇就此埋下。

自14世纪起，随着金帐汗国的衰败，乌克兰又先后被波兰王国、立陶宛大公国统治，1385年，波兰和立陶宛签订了克列沃联盟条约，两国形成联合王国，并以立陶宛大公为联合王朝的国王。

1596年波兰统治者实行东正教并入天主教庭、推行波兰语的政策，鼓吹波兰人是天生就来统治乌克兰人的种族，这些在当时遭到了西乌克兰人的反抗。1647年，一个名叫赫梅利尼茨基的小伙遭受了不白之冤，原因是他的妻子被波兰贵族绑架，儿子被地主打死，他上诉到波兰法庭，而法庭确判他有罪。于是他到了乌克兰第聂伯河下游的扎波罗日赛契建立了独立的拉达和盖特曼组织进行反波兰起义，由于这个政治组织有独立外交、军事理念，因此也是现代乌克兰国家的雏形。