然而，看似“强强联合”的项目却掩盖不了工业层面的暗流涌动——技术主导权、性能定位和经费之争从一开始就如影随形，法国达索坚持要求控制核心知识产权，比如飞控代码和隐身涂层技术以及顾及航母搭载需求，这被德国视为是一种“技术霸权”，而且德国还希望该机能够携带核武器，并且不希望自己沦为分包商。这些分歧随着时间推移不断加剧，最后走向分道扬镳。

目前法国和德国正朝着一个保全颜面的解决方案迈进，即在“未来空中作战系统”的名义下，继续推进核心有人战斗机之外的其他部分（如高度安全链路的“作战云”、无人机系列、空射武器以及可能的其他空中平台）。这更像是一种体面“分手”后照顾颜面的妥协选择，然而，项目造成的时间拖延和真金白银流失却是实打实的。正如英国皇家国际事务研究所评论道，这标志着欧洲重建军事能力的努力遭遇了沉重打击。

FCAS项目告吹后，预计达索公司将利用FCAS的技术积累，独自研发下一代战斗机，以保障其舰载机和核威慑力量的更新换代。德国则要么独立研发，要么加入由英国、意大利和日本主导的GCAP项目。在法德西的FCAS项目终结后，由空客公司牵头、八家航空航天和国防企业组成的团体，正计划组建一个由德国主导的联盟，旨在自主研发欧洲第六代战斗机。但德国是否有足够的资金和技术单独支撑起六代机项目，还是未知数。

由于新一代战机在2035年左右才能成熟，在这空白时间，法国和德国都需要想办法应对新的空战环境——六代机、协同作战飞机和改进型五代机逐渐走向战场，现役空中力量的压力倍增。因此，继续推进FCAS项目下的协同作战无人机发展是一定程度上缓解焦虑的现实选择。德国正在评估XQ-58A“女武神”、空中客车僚机、MQ-28“幽灵蝙蝠”和赫尔辛CA-1欧罗巴等多型忠诚僚机无人机，这些无人系统预计在2030年左右入列，而德国即将装备的“台风”Block4采用了新型有源相控阵雷达和航空电子设备，能够与无人机协同作战，组成全新的空中作战编队。