1903年，美国通过军事干预等手段，在巴拿马得到开凿运河和永久使用、占领及控制运河及运河区的权利。1914年8月15日，巴拿马运河通航。在这之后，巴拿马人民经过多年的不懈斗争，终于在1999年12月收回运河。

CNN等媒体报道称，自1999年12月以来，巴拿马运河一直由巴拿马运河管理局运营，其局长、副局长和11名董事会成员均由巴政府和国民议会任命。运河管理局独立运营，但受政府监督。运河的大部分员工都是巴拿马人，巴拿马指定哪些公司获得运河附近港口的运营合同。通过运河的船只必须由为运河管理局工作的当地工作人员领航。通过巴拿马运河时船只需要缴纳的费用，因其大小和类型的不同而不同。如果想优先通航，需要缴纳更多费用。美国军舰享有优先通行权，但美国商船无权享受更低的通行费率。

“在巴拿马取得对运河的完全主权和控制权以来的25年里，巴拿马政府创造了一个了不起的纪录。运河比在美国控制下运行得更好、更安全。”今年1月，美国马里兰大学历史学教授格林在《时代》周刊上发文时这样写道。据西班牙《国家报》报道，自2000年以来，通过巴拿马运河，巴政府获得了共计280亿美元的收入，比美国运营运河的85年间收入总额高出15倍。

巴拿马运河上分布有5个主要港口，分别为曼萨尼约港、巴尔博亚港、科隆港、罗德曼港、克里斯托瓦尔港。其中，曼萨尼约港是巴拿马集装箱运输量最大的港口，位于大西洋加勒比海一侧，在前美国海军基地上修建，长2300米，拥有6个集装箱作业码头。该港口由美国跨国公司SSA Marine运营，2024年装卸超过270万个标准20英尺（1英尺约合0.3米）的集装箱。

巴尔博亚港是巴拿马运河集装箱运输量第二大港口，位于太平洋巴拿马湾一侧运河入口处，拥有5个集装箱船码头，去年集装箱装卸数量预计超过260万个。该港口与巴拿马第五大港口克里斯托瓦尔港一样，此前由长江和记实业有限公司（长和）运营，但长和3月4日宣布，拟向美国贝莱德牵头的BlackRock-TiL财团出售旗下子公司和记港口在巴拿马港口公司90%的股权。克里斯托瓦尔港位于巴拿马运河的大西洋出口处，拥有3个集装箱码头，去年装卸111万个标装箱。