不过，“战斧”Ⅴ型巡航导弹仍然存在一些显著的不足。首先就是其飞行速度为亚音速，飞完全程耗时将近2小时，这就为对空侦测、筹划多层反导拦截提供了窗口时间。其次，虽然“战斧”Ⅴ有待机攻击方式，但采用这种攻击方式时导弹的飞行高度较高（8000米），这样的空中飞行物是陆基远程防空系统或远程区域舰空导弹系统典型的探测及拦截对象。最后，“战斧”Ⅴ巡航导弹因为追求极致的通用性，这也就导致了这种导弹的外形未进行隐身修形和红外隐身处理，一般战斗机上搭载的配有红外成像导引头空空导弹就能轻易的将其击落。

对付反舰“战斧”导弹的大量列装，必须在装备和战术及训练上进行针对性的调整，在整合现有装备的基础上，从硬杀伤和软杀伤两个方面入手提升应对反舰“战斧”导弹的能力，比如是否需要类似“标准”-6的远程舰空导弹、类似“军团”的吊舱提升舰载机的反隐身和反巡航导弹能力等等，都值得认真研究。

此外，即使“战斧”Ⅴ型巡航导弹可探测也可防御，但其在模块化、通用化和多模复合导引头上独特的技术路径也是值得跟踪研究，特别是其在攻击时敏感目标上的能力也是未来先进巡航导弹发展的大趋势。