1991年4月9日，法国空军的一架隶属于伊斯特尔空军基地幻影2000-N（机尾编号：328）在奥弗涅大区多姆山省Montcineyre地区与一架民用直升机相撞，并坠毁在居住区，造成10人死亡，8人受伤。
1995年，北约轰炸波黑行动时，一架幻影2000N（机尾编号：346/3-JD，生产编号：EC.02/003）在8月30日下午17:00被波斯尼亚和黑塞哥维纳共和国的防空部队以9K38针式单兵防空导弹击落，两名飞行员被俘。这是法国空军自冷战以来最严重的军事损失之一，幻影2000战斗机初次实战就折翼沙场。
1999年10月15日，台湾1架幻影2000-5（编号2053）傍晚执行夜航训练任务，起飞后不久因引擎吸入飞鸟，动力消失经抢救无效不幸坠毁于新竹外海，这起事件系台湾幻影2000-5战机首次失事纪录。
1999年12月14日，台湾1架幻影2000-5（编号2036）与其他两架担任僚机的幻影战机，在苏澳外海进行视距外攻击的战斗训练中从战管雷达上消失。
2001年11月14日，台湾1架幻影2000-5（编号2058），自新竹机场，起飞执行例行训练任务后在新竹外海从雷达屏幕消失，机上2名飞行员刘浩帆上尉失踪，张健翔中校经渔船发现急救不治殉职。
2002年2月12日，法国空军一架幻影2000B（机尾编号：511）在115空军基地进行特技飞行表演时操纵失灵，两名飞行员弹出。
2004年9月23日印度空军一架幻影2000在飞行训练中坠毁，战机飞行员成功在飞机坠毁前弹射逃生，这架幻影2000战斗机最终坠毁在一处人烟稀少地区。
2004年10月12日，印度空军一架幻影2000机在参加印度与新加坡联合举行的代号为“新德克斯”(Sindex)的军事演习时，发生技术故障而坠毁在距印度中央邦瓜廖尔空军基地附近，飞行员跳伞逃生。
2011年5月24日，法国1架幻影2000战斗机在阿富汗西部地区南希·奥谢空军基地附近坠毁。
