1991年4月9日，法国空军的一架隶属于伊斯特尔空军基地幻影2000-N（机尾编号：328）在奥弗涅大区多姆山省Montcineyre地区与一架民用直升机相撞，并坠毁在居住区，造成10人死亡，8人受伤。
1995年，北约轰炸波黑行动时，一架幻影2000N（机尾编号：346/3-JD，生产编号：EC.02/003）在8月30日下午17:00被波斯尼亚和黑塞哥维纳共和国的防空部队以9K38针式单兵防空导弹击落，两名飞行员被俘。这是法国空军自冷战以来最严重的军事损失之一，幻影2000战斗机初次实战就折翼沙场。
1999年10月15日，台湾1架幻影2000-5（编号2053）傍晚执行夜航训练任务，起飞后不久因引擎吸入飞鸟，动力消失经抢救无效不幸坠毁于新竹外海，这起事件系台湾幻影2000-5战机首次失事纪录。
1999年12月14日，台湾1架幻影2000-5（编号2036）与其他两架担任僚机的幻影战机，在苏澳外海进行视距外攻击的战斗训练中从战管雷达上消失。
2001年11月14日，台湾1架幻影2000-5（编号2058），自新竹机场，起飞执行例行训练任务后在新竹外海从雷达屏幕消失，机上2名飞行员刘浩帆上尉失踪，张健翔中校经渔船发现急救不治殉职。
2002年2月12日，法国空军一架幻影2000B（机尾编号：511）在115空军基地进行特技飞行表演时操纵失灵，两名飞行员弹出。
2004年9月23日印度空军一架幻影2000在飞行训练中坠毁，战机飞行员成功在飞机坠毁前弹射逃生，这架幻影2000战斗机最终坠毁在一处人烟稀少地区。
2004年10月12日，印度空军一架幻影2000机在参加印度与新加坡联合举行的代号为“新德克斯”(Sindex)的军事演习时，发生技术故障而坠毁在距印度中央邦瓜廖尔空军基地附近，飞行员跳伞逃生。
2011年5月24日，法国1架幻影2000战斗机在阿富汗西部地区南希·奥谢空军基地附近坠毁。
2011年6月9日希腊一架幻影2000-BG战斗机（机尾编号204）在萨摩斯岛附近坠入爱琴海的。所幸的是，在飞机坠毁前，飞行员已成功逃生。2011年6月21日被打捞出水。
2012年3月05日 ，印度空军一架幻影2000在拉吉斯坦邦坠毁，飞行员跳伞获救。
2012年10月3日，台湾空军派赴法国受训的幻影2000战机飞官王同义中校，驾驶法国空军幻影2000-5型战机，在法国东南部空军基地“Luxeuil-les-Bains Airfield”因不明原因坠机当场死亡。
2013年5月20日，台湾1架隶属新竹基地499联队，编号2052的双座幻影2000战机上午9点54分由新竹机场出勤进行换装训练，于10点18分在苗栗后龙外海进行训练时，于雷达上失去踪影坠海，2名驾驶员成功逃生。
1996年10月8日，希腊空军发现土耳其空军两架F-16D正在越过爱琴海进入其领空（另一说为土耳其的4架F-4和两架F-16D型战斗机，闯入到了希腊的空域内，深入长达数十公里）希腊空军两架幻影-2000和2架F-16C立即起飞拦截，在进行警告之后发现F-16D不但没有回退反而进行了战术动作，希腊空军抓住这一有利时间立即进行拦截作战。在进行大机动缠斗后，一架幻影-2000成功占据F-16D后半球位置形成稳定追踪态势，果断发射一枚魔术-2导弹，击中了土耳其的一架F-16D，另外一架见势不妙立即逃窜。事发后，土耳其因为理亏在先，不敢声张，在国内谎称机械事故坠落，直到2012年土耳其官方才承认该战机的确被希腊击落。
