东风-31导弹的核弹头方面基本达到世界先进水准，但在重入载具（ReentryVehicle，RV）方面水平相对落后。美国W87核战斗部的重量为150千克，加上重入载具MK21之后的重量约为360千克，标准当量是30万吨TNT，可以提高到W88的47.5万吨TNT水平。东风-31导弹核战斗部的水平设定于W87和W88之间，采用65万吨TNT当量时，则战斗部约为250-300千克左右，加上载具约为700千克左右；采用100万吨TNT当量，则核战斗部约为400-500千克左右，加上载具约为1000千克左右。尽管如此，洲际弹道导弹还要考虑突防手段，需要携带诱饵，如“有速诱饵”和“再入诱饵”等，均指重量10千克上下的重诱饵，在再入段模拟弹头特性，与在中段模拟弹头特性的轻诱饵明显不同，还需要另外的载荷来承担诱饵的重量。东风-31导弹携带10-15个重诱饵外加数十上百的轻诱饵时，加上核战斗部及载具，载荷总需求将分别达到800-900千克和1.1-1.2吨左右。因此东风-31导弹采用较大载荷时会牺牲一些射程，而保证最大射程时又需要采用较低的载荷模式，需根据不同的作战需求进行侧重点的选择。东风-31导弹A型内装配一种特殊动力装置，能在离地约80000米高空时，靠特殊的矢量喷射技术进行变轨，以躲开美国反导系统的拦截，再加上多弹头的使用可打击更多的目标。
制导方式
东风-31弹道导弹主要采用惯性制导，1999年研制成功了三浮陀螺，该陀螺具有世界先进水平，有助于提高打击精度。东风-31导弹的圆概率偏差约300米，随着惯导技术的提高和末修技术的改良，东风-31导弹A型的命中精度也较原基本型有较大提高，若采用先进末制导技术，则精度有望提高一个数量级。考虑到仅仅执行最低核威慑政策，则无需苛求精度，生存能力和突防能力的提高则更加重要。
