据NHK报道，日本外务省亚洲大洋洲局局长船越健裕当天通过电话，向韩国驻日大使馆公使提出抗议，称韩方议员不顾日方事前抗议和要求强行登上该岛，日方“绝对不能接受”，并要求韩方采取措施，杜绝类似事件。正在访美的日本执政党自民党干事长茂木敏充向记者称，在尹锡悦政府努力改善日韩关系，且以多种形式取得进展的情况下，韩议员此举“非常令人遗憾”。

对于日方抗议，韩国外交部官员3日则表示，已通过外交渠道驳回了日本方面的“不正当主张”。该官员重申韩国政府立场称，独岛从历史、地理、国际法上都是韩国固有领土，韩方无法接受日方有关韩国领土主权的任何主张。

田溶冀3日也再度回应称，日本方面提出抗议的做法“是明显的主权掠夺，也是干涉内政”。“忘记历史的民族没有未来。”他敦促韩外交部立即强烈抗议日本政府干涉内政，以免再度发生类似事件。他还称，共同民主党全国青年委员会今后将继续在“向世界宣传独岛”上发挥带头作用，对抗日本政府主权掠夺野心。

值得注意的是，就在2日下午，韩国总统办公室和日本外务省同步发布消息，宣布日本首相岸田文雄将从本月7日起对韩国进行为期两天的访问，并同韩国总统尹锡悦举行会谈，代表两国领导人之间间断了12年的“穿梭外交”正式重启。据韩媒推测，两人此次将对经济、安全等双边事务以及朝鲜、地区和国际事务广泛交换意见。

3日，日本国家安全保障局长秋叶刚男到访韩国，与尹锡悦在龙山总统府会面。这是日本国家安全保障局长2014年以来首次访韩。根据韩方发布的书面简报，尹锡悦表示重启互访的“穿梭外交”，有望促进韩日友好合作逐步升温，秋叶刚男也高度赞赏尹锡悦政府为改善日韩关系做出的努力。尹还表示，韩日两国是基于共同价值追求共同利益的伙伴，两国需要合力应对全球性多重危机。