“祸不单行”的是，随着1991年克里姆林宫上空的红旗落地，“俾路支解放军”的信仰崩塌了。大量核心人员选择“润走”和成为“日子人”，其军事力量和政治力量的发展亦遭遇重挫。最终，其基层组织基本崩溃，而高层则选择蛰伏，依托少量尚能控制的高校发展上层路线，并设法重建与俄罗斯军队的联系。

至上世纪九十年代中期，与巴基斯坦不对付的印度取代苏联，成为“俾路支解放军”的新后台，他们的资金注入让这一行将就木的分离主义武装恢复了一点元气。

但由于苏联和共产主义信念的瓦解，过去的宣传口径和站位已经无法维持下去了。于是，“俾路支解放军”开始以极端化的民族主义和宗教主义招兵买马，并与地方上的本民族豪绅进行利益捆绑。他们逐渐针对俾路支省内的其他民族聚集区和产业实施破坏，企图赶走其他民族群体，终结“旁遮普人的剥削”，以此作为自身独立的基础。

与过去针对难民的行动不同，这些破坏活动全部发生在巴基斯坦本国人身上。这让巴基斯坦军警不得不出动军事力量进行打击。在整个九十年代，巴基斯坦军队对俾路支省全域实施五六次清剿，摧毁多个“俾路支解放军”的训练中心和武器储藏点，打击了其势力发展和武装程度。至90年代末，“俾路支解放军”仅在该省的少数城市和村庄内拥有一定的地下组织，且大部分遭到压制。

不过，在这期间也发生了一件不好的事情，那就是巴基斯坦长期作为沙特盟友，且对本国的什叶派民族态度恶劣，这让伊朗感到了不满和威胁。作为反制手段，伊朗军队在边境线上为“俾路支解放军”提供庇护和帮助，而这一行为显然降低了巴基斯坦的围剿效应，从而为“俾路支解放军”死灰复燃保留了火种。