当时，小布什政府明确表示，因核查议定书草案存在众多问题和严重错误，所以美国拒绝接受。随后，在历次审议会上，美国都明确表示反对重启相关谈判。其实，美国是最初推动《禁止生物武器公约》达成的国家之一。中国军控与裁军协会生物组专家王小理接受《环球时报》记者采访时表示，美国的生物武器政策受国际及国内政治、科技人文等多重因素影响，是一种基于精准算计的策略性取向、是基于现实主义的脆弱平衡。随着时代的发展，特别是生物科技的变革，这种策略性取向和脆弱平衡很容易转向、坍塌。

冷战后“收割”苏联国家实验室和科学家

美国之所以“拒绝核查”，有一个大的历史背景，那就是冷战结束后，美国以“防止生物恐怖威胁”等名义“收割”苏联国家的生物实验室和专家。苏联解体后，俄罗斯没有足够的财力来实现核武器以及生化武器的销毁。在参议员萨姆·纳恩和理查德·卢格的推动下，美国国会1991年通过立法，之后开启“减少威胁合作计划”，用以销毁苏联的大规模杀伤性武器，并拆除相关设施。

这一计划由美国国防减少威胁局负责，其中包括“减少生物威胁计划”。在华盛顿的一再延长下，相关工作持续了约20年。美国《原子科学家公报》2008年报道称，该计划最初的重点是在白俄罗斯、哈萨克斯坦和乌克兰实现无核化，之后将工作重点转向应对生物威胁。

在后续的实施过程中，“减少生物威胁计划”慢慢走了样，并非所有存放危险病原体的苏联国家研究设施都被淘汰，其中很多实验室都被美国升级改造。虽然这些实验室设在美国之外，但俄罗斯近期曝光的证据却显示，很多实验室是由华盛顿实际控制的。华盛顿还将这些海外实验室的研究材料和成果转移至美国。