尊王攘夷运动使长期处在历史阴影中的日本天皇重新走上历史舞台。

1864年8月19日，久坂玄瑞等率长州藩兵入京都，与幕府操纵的京都守护军激战，久坂玄瑞等战败自杀。8月24日，幕府策动天皇下诏，以追究禁门之变为由发动第一次征讨长州藩的战争。英、美、法、荷四国联合舰队也于9月5日再次进攻下关，长州藩在内外夹击下失败，向幕府屈服，保守势力重新掌握藩政，高杉晋作等被迫逃亡。斗争的失利使尊王攘夷派重新考虑战略。

1865年春，高杉晋作再度举兵，主张开港讨幕，不再提攘夷。至此，尊王攘夷运动向武装倒幕转化，并成为此后明治维新的动力。

幕府向美国的让步，表现出其务实的政治态度。但是封建藩主和武士、家臣们却未必同意，他们认为这是屈辱投降。于是日本人的“爱国主义”从攘夷开始，最终导致了尊王攘夷运动。此后日本将“尊王攘夷”改为“尊皇攘夷”，这就成为正宗的“日本版”了。

这里还需要说明的是：在古代中国，“夷”即夷狄，就是中原地区汉族以外的异族，如满族和金族、夏族等。而在岛国日本，除了北海道数量稀少的阿依努人以外，日本基本上是大和这个单一民族组成的国家。因此对日本而言，“夷”就是外国人，“攘夷”就是要排斥和排除外国人，这是没有任何疑义的。