在防护力方面，96B仍然沿用96A上增加的楔型模块化装甲、炮塔侧面及车体正面的FY-4反应装甲。与96A1坦克相比，96B坦克主要提高了动力系统以及高原性能。96B坦克的发动机、排气系统、悬挂、负重轮、履带都进行了改进。有消息称，96B坦克的计算机和数字通信系统进行了改进，使坦克车长可以从上级指挥机构获取命令和作战信息。
动力系统
与96A坦克的发动机舱和侧面排气系统设计不同，96B坦克安装了北方通用动力集团616厂为中国三代大改主战坦克（即99A主战坦克）研发的新150系列涡轮增压水冷柴油发动机和后置排气系统，单缸功率不变，连杆、活塞、缸套都是通用的，只是功率相对调低（1200马力）。该发动机在低速扭矩、爬坡、越障能力、最大速度稳定性方面有较大提高，试验中，坦克的最高时速高达70千米/小时。这使得96B坦克足以和俄罗斯的T-72B3M坦克一较高下，这点从96B的赛场表现可以看出来。
据《简氏防务周刊》分析，96B坦克换装了外贸型的VT-4主战坦克（脱胎于中国三代坦克技术）的新型涡轮增压水冷柴油发动机，配备数字操作系统。该发动机的特点是可靠性好，油耗低，维修方便，96B坦克的动力装置可整体吊装，能有效地缩短维修工作的时间。
96B坦克还配备了VT-4坦克采用的液力机械综合传动装置，集变速、转向、制动与操纵等功能于一体，具有自动换挡、方向盘转向、联合制动等功能，动力输出更加均衡、平顺，持续推力加大，特别在过连续突起障碍物时，优势更加明显，而且转向非常灵活。这套装备可以使战斗全重达50吨的坦克在高速行驶状态下实现快速制动。在96B坦克的第一、二、六对负重轮上有减震器，在崎岖路面的行驶性能大大提高。
