052C的另一主要武器，是垂直发射的海红旗-9（HHQ-9）防空导弹系统。HHQ-9是红旗-9的海上版，后者是中国航天二院，从1980年开始发展的新一代长程防空导弹。历经十余年的漫长研发之后，红旗-9终于在1997年定型并开始初期少量生产，并被中国海军确定为新一代舰载区域防空导弹，1999年正式进入中国陆军的防空部队服役，在外销市场上的型号则为FD-2000。 依照公开资料，HHQ-9弹体长6.8m，直径1175px，弹重1300kg，战斗部重180kg；对飞机目标的最大射程120~150km，最小射程约20km；对导弹目标的最大射程25km，最小射程5~7km，最大射高25000~30000m，最小射高约20m，最大飞行速度4.2马赫。
HHQ-9导弹构型与垂直发射器结构与俄罗斯RIF-M（即SA-10的海上版，北约代号SA-N-6）区域防空导弹系统相似。早先中国几种新一代舰载垂直发射防空导弹如海红旗-8（HHQ-8，KS-1A的舰上垂发版）与海猎鹰-60（HLY-64）等都在本世纪初期宣告失败，而海红旗-9则是中国第一种完成开发的国产舰载区域防空导弹。但由于HHQ-9的尺寸与重量大于SM-2 MR Block 3，直线惯性与转动惯量较大，剧烈转向的灵活度注定不如较小较轻的SM-2 MR Block 3，因此拦截低空小型目标的能力仍略逊一筹。
HHQ-9的VLS外观类似俄制SA-N-6的垂直发射器，弹舱均为轮型，也都采用冷发射，不过HHQ-9每组发射器只有六个发射管，而非SA- N-6的8管。HHQ-9弹舱是每管都有一个发射口， 每管都能直接发射而不需要旋转，052C的舰首B炮位总共有六组HHQ-9的VLS，另外在机库结构的中心轴线上也纵列了两组，总携带量48枚。与俄国转轮式VLS类似，为了防止导弹射出弹舱后火箭无法顺利点燃而掉在甲板上造成危险，B炮位的六组VLS分成左右两边，各以5度角朝舷外倾斜，而安装于直升机库的两组VLS亦有相同的设计。
