6月25日有报道指出,伊朗最高领袖哈梅内伊近一周来没有公开露面。他在6月18日发表了一段视频讲话,警告美国军事干预将带来无法弥补的损失。6月23日,在美军袭击伊朗三处核设施后,一个与哈梅内伊相关的账号以文字形式首次发声,发誓要惩罚敌人。
6月24日,伊朗国家电视台的一名主持人询问哈梅内伊办公室官员迈赫迪·法扎埃利关于哈梅内伊的现状。法扎埃利并未直接回答,而是表示应该祈祷,并称负责保护哈梅内伊的人都很出色。此前,哈梅内伊由伊朗伊斯兰革命卫队一支经过严格审查的特种部队保护。据《纽约时报》报道,由于担心遭到暗杀,哈梅内伊目前主要通过一名心腹助手与伊朗指挥官保持联络,并已暂停使用电子通信,以降低其行踪暴露的风险。报道称,哈梅内伊藏身于一座地堡内,并已在伊朗军事指挥体系中挑选了多名候补人员,以防更多重要副手被刺杀。
哈梅内伊高级军事顾问叶海亚·萨法维将军之子、政治分析家哈姆泽·萨法维表示,当下伊朗安全官员认为即使以色列和伊朗停火,以色列仍有可能暗杀哈梅内伊。他们正在执行极端安全保护措施,包括限制相关人员与外界的接触。哈姆泽认为哈梅内伊也在远程参与伊朗关键事务决策。
美国总统特朗普表示,美方将于下周与伊朗就一项潜在的核协议展开会谈,但他多次强调自己并不认为这类协议有多必要。他补充说,美方此次将提出与在中东局势升级前与伊朗谈判时相同的要求。特朗普表示,自己非常确信以色列与伊朗之间的军事冲突已经结束,但冲突可能再次爆发。特朗普不认为伊朗会重新进行核计划。