哈佛大学与美国政府之间的冲突进一步升级。5月13日，美国政府宣布八个联邦机构将终止向哈佛大学提供约4.5亿美元的拨款，这是继4月冻结该校22亿美元资金后的又一举措。哈佛大学迅速回应，向法院提交了一份修正诉状，扩大了对政府诉讼的范围。

白宫打击反犹主义联合工作组在一封信中宣布了上述决定，并批评哈佛大学成为“炫耀道德优越感和歧视行为的滋生地”。同日，哈佛大学律师修改了原诉状，列举了自4月21日首次提起诉讼以来联邦政府采取的多项行动。哈佛方面要求波士顿的联邦法院阻止政府实施资金冻结，并裁定政府的行为违反《第一修正案》中的言论自由权。

此前，每当哈佛大学表现出拒绝服从政府要求的态度时，联邦官员便会迅速采取威胁或惩罚措施。目前，哈佛大学发言人尚未对此事发表评论。

今年5月5日，美国教育部长琳达·麦克马洪表示，由于哈佛大学未能按照联邦政府的要求进行改革，联邦政府将不再对其提供新的资助。她在社交媒体上发布了一封写给哈佛校长艾伦·M·加伯的信，指责哈佛“系统性”违反联邦法律，嘲弄了美国高等教育体系。她还批评哈佛邀请参与暴力行为、对美国表现出蔑视的外国学生到校园里来，并指出哈佛财务状况不佳、管理不善。

4月18日，特朗普政府要求哈佛大学提供过去十年来的外国资金及部分外国关系的记录。4月30日，美国官员表示，政府正在关注哈佛等大型大学的117项违规行为，这些大学没有依法报告外国资金流入记录。在哈佛提供名单之前，他们不会再从国土安全部获得任何拨款。

4月11日，特朗普政府官员致信哈佛大学，要求学校进行“有意义的治理改革与重组”，否则联邦资金将遭到削减。当月14日，哈佛大学拒绝遵从政府的多项要求，包括大规模改革管理层、修改招生政策、关闭与多元化相关的项目等。随后，特朗普政府宣布冻结对该校总额22亿美元的多年期拨款以及6000万美元的多年期合同款项，并威胁取消哈佛招收国际学生的资质，考虑剥夺其免税地位。哈佛大学于4月21日对特朗普政府提起诉讼，指控政府试图以冻结联邦资金为手段操纵学校的学术决策。

自今年1月以来，特朗普政府对多所美国高校发出威胁，声称如果校方不调整政策，将面临削减资金的后果。主要要求包括根除“校园内的反犹主义”和废除向少数族裔倾斜的多元化举措。