美国在退出世卫组织后，对世贸组织也采取了行动。世贸组织作为促进全球贸易的协调性机构，在过去几十年里有效帮助各国促进了发展并限制了贸易壁垒。然而，特朗普政府对此类规则性机构表示不满，认为世贸组织没有发挥应有的作用，并且对美国极不公平。目前，WTO内部积压着数百起针对美国的诉讼，而特朗普总统频繁使用关税工具，导致这些诉讼案件不断增加。

在美国面临“关税考验”的时刻，3月上旬美国代表团在世贸组织相关会议上宣布，在审查对各国际组织会费缴纳问题完成之前，暂停支付世贸组织2024年及2025年的会费。但实际上，这只是一个借口。美国经常拖延对其他组织的会费缴纳，有时长达数年甚至数十年，受影响的包括联合国、世界卫生组织、国际货币基金组织和世贸组织等。通常情况下，美国对某个组织不满时，该组织就收不到会费。

3月26日，特朗普宣布对全球征收新一轮汽车关税。同一天，美国暂停向世贸组织出资，未明确何时恢复资金供应。两天后，世贸组织给美国发送了一份账单，显示美国拖欠的会费处于第一类欠费状态，即“拖欠一年以上但不满两年的分摊会费”。这意味着美国去年也没有结清账单。在缺少美国经费的情况下，世贸组织已制定计划确保维持日常运作。