此外，从2023年9月起，菲律宾国家安全委员会等高级别官员不时扬言准备就所谓“南海海洋环境保护”等相关问题针对中国再度提起国际仲裁。吴士存表示，目前尚无法判断这是菲律宾炒作还是已经成为菲律宾的国家决策，对比“菲律宾2013年提出所谓南海仲裁案的时候，并没有提前释放任何信息，由此不排除菲律宾有炒作的嫌疑”。

据吴士存介绍，海洋环境保护是中国和东盟签署的《南海各方行为宣言》框架下最重要的合作领域之一，而当前南海海洋环境问题是中国和东盟国家面临的一大挑战，这需要东盟国家尤其是南海沿岸国和中国相向而行，共同致力于渔业资源和海洋生态环境的保护以及已遭到破坏的海洋生态环境的修复，“菲律宾和整个国际社会如果不对菲律宾‘坐滩’的非法军舰采取措施，那么仁爱礁的海洋生态环境可能会出现灾难性后果”。

吴士存认为国际社会对中菲南海争端持双重标准。他举例说，一艘几千吨的二战时期舰艇一旦解体会是怎样的一种状况？菲律宾还有数十名海军陆战队员在里面吃喝拉撒，并且没有排污设施。他反问：“为什么对菲律宾非法‘坐滩’军舰导致的环境恶化，而且明显违反《南海各方行为宣言》中不在无人居住岛礁上采取居住的行动，一些国家视而不见，保持沉默。假设是中国的一艘军舰在那里‘坐滩’，国际社会是什么反应，能这样吗？”

吴士存认为，在南海地区“爆发大规模的军事冲突是不可能的，但是小规模、偶发性、擦枪走火事件的可能性呈上升趋势”。他表示，这主要源于中美一线军事接触主要发生在南海海空域，包括美军针对中国的所谓航行自由行动、美舰机对中国的抵近侦察等等，尽管中美两军之间有《海上意外相遇规则》的约束，但这是建立在自愿基础上，是没有强制约束力的。

随着美国海警船在南海频繁活动，突发事件爆发的概率在进一步增加。吴士存表示，首先是美国海岸警卫队和中国海警之间没有共同遵守的规则，此外，美日澳菲四国海警在南海已经进行了联合巡逻演习，如果双方管控不好，从小规模的意外事件发生导致冲突升级的可能性也是存在的。