除了作为国家级核战略指挥平台的E-4B，美国海军还装备有E-6B战略对潜指挥机。上世纪五十年代末六十年代初，美苏两国相继研发列装战略导弹核潜艇，彻底改变了由战略轰炸机、战略核导弹组成的核威慑体系，陆海空“三位一体”核武库建成，至今这一体系结构仍是衡量一个国家核力量建设成果的标志。战略导弹核潜艇具备较强隐蔽性，游弋在深海的战略导弹核潜艇具备较高的生存能力，可给对手出其不意的核打击。然而这种隐蔽性也是“双刃剑”，它虽然可以躲避敌人的追踪，但也给己方与其通信造成了困难。

E-6B主要用于指挥战略核潜艇。

无线电波中只有长波能够穿透海水，但是长波信号需要巨大的发射天线，建造在陆地上的巨型长波通讯天线目标明显，在战时极易成为对手打击的目标，从而切断被打击国与战略导弹核潜艇的指挥通讯。因此，为确保美国最高指挥机构对战略导弹核潜艇指挥的顺畅和安全，美海军将长波通讯装置安装在飞机上，利用飞机快速机动的优势，在地面通讯系统遭到大规模毁伤的情况下，建立最高指挥机构与战略导弹核潜艇的通信，确保海基核力量不失联断联。战略导弹核潜艇中继通讯指挥机的条件同样要求具备长航时、远航程和宽大的机体以容纳大型设备。早先美国海军使用C-130运输机进行改造，其后美国海军看中了波音-707客机，对其进行大幅度改造。1994年，美国海军16架E-6完成全面部署，2003年，16架E-6全部升级为E-6B。目前有媒体报道，美国多家军火商，包括诺斯罗普·格鲁曼、洛克希德·马丁等公司已经盯上了美国海军下一代对潜指挥机的项目，摩拳擦掌准备赢得竞标。

美升级核指挥控制系统

E-4B和E-6B共同构成了美国空中核指挥平台，因此这两型飞机的动向备受国际社会关注，常被媒体报道为美军展示核力量的标志。2022年拜登访问日韩两国时，一架E-4B飞抵日本冲绳嘉手纳基地进行部署；2022年10月，北约举行了代号“坚定正午”的核威慑演习，美海军多架E-6B升空进入战备值班状态，以展示威慑姿态。近期，有媒体报道显示P-8A反潜巡逻机加装了和E-6B一样的圆形凸起通讯设备，有分析认为美军开始对P-8A进行改进，使其具备战略导弹核潜艇通讯指挥功能。由于P-8A海外部署频率较高，如果P-8A也具备核战指挥能力，其与本土起飞的E-4B、E-6B配合势必会大幅提高美军核战指挥的效率。