1998年，美菲签署《访问部队协议》，允许美军以“访问”名义，每半年进行一次轮替，实现了在菲律宾的“变相”长期驻军。随后，两国在2002年又签署了《后勤互助协定》，允许美军平时可以使用菲律宾基地和港口进行补给。截至目前，菲律宾总计向美国开放了5座军事基地，主要包括：包蒂斯卡空军基地、马尼拉南部的巴塞空军基地、马尼拉北部的麦格赛赛堡陆军军营、棉兰老岛的伦比亚空军基地和宿目的埃博恩空军基地。2014年4月，美菲又签署为期10年的《加强防务合作协议》，允许美军在指定区域兴建军事设施或升级现有基础设施，进行武器装备预先部署和物资补给等，为美军在菲律宾获得更多军事基地提供了法律依据。

这次美国在菲律宾修建军事设施，就是落实《加强防务合作协议》的一项具体举措。从位置来看，美国所计划的5处军事设施有4处位于贴近巴士海峡的吕宋岛，其战略意图非常明显，就是要以菲律宾为跳板，借加强与菲律宾军事合作为名，建立干涉亚太问题的前沿军事基地。可以预测，未来一旦亚太地区爆发冲突，美军可以通过使用菲律宾军事基地进行快速军力调动，即便只是简单的提供燃料和弹药补给，也能使美军在亚太地区的战斗力成倍增长。

美国至今仍觊觎苏比克湾军事基地。

防务合作助推美“印太”战略深化

从美菲同盟的基础来看，两国至今没有废除1951年签署的无限期《美菲共同防御条约》，这意味着两国之间的同盟关系非常牢固。对于美国来说，菲律宾的地理位置十分重要，处于印度洋与太平洋的关键通道，并且拥有美军悉心经营几十年的克拉克空军基地和苏比克湾海军基地，是其“印太”战略的重要支点之一。