于是，美国空军开始将B-2A隐身轰炸机的作战使命从核打击转向常规作战。那么，该机所携带的主要武器就不再是B-61战术核弹，而是各型制导和非制导炸弹，包括重2268千克级GBU-28钻地弹、907千克级Mk84航弹、CBU系列子母弹以及重达13610千克的GBU-57“炸弹之母”重型钻地弹。不过，该机最常用的弹药就是JDAM系列制导炸弹，包括GBU-31和GBU-38，前者可以挂载16枚，而后者最多可以挂载多达80枚。2003年9月，“德克萨斯幽灵”号B-2A隐身轰炸机在一次测试中投下了80枚GBU-38制导炸弹，分别击中了80个不同的目标，创造了该机新的纪录。

为了对付地下坚固目标，美国研制了GBU-57重型钻地弹。

不过，B-2A隐身轰炸机在机载武器上也存在不足之处，即无法挂载和发射远程空面巡航导弹，不具备远程打击能力。从该机的作战使命来看，美国空军一开始也没有赋予其发射远程空面巡航导弹的任务要求。后来，美国空军陆续研发装备了两型远程空面巡航导弹，分别是AGM-86以及更加先进、具备隐身能力的AGM-129。20世纪90年代后，美国空军曾经一度计划将这两型远程空面巡航导弹集成在B-2A隐身轰炸机上，而且该机内置弹舱的尺寸完全可以容纳这两型导弹。

但是，现实却是很残酷的。一方面，AGM-129隐身巡航导弹虽然性能出色，其造价却极其昂贵，几乎是AGM-86的4倍以上。所以，在1993年第460枚下线后，AGM-129隐身巡航导弹便停产了，如今已经全部退役。于是，B-2A隐身轰炸机也没有机会再装备AGM-129隐身巡航导弹。而AGM-86远程空面巡航导弹目前只配备在B-52战略轰炸机上，每架以内置和外挂的形式可以挂载20枚之多。如果要将AGM-86远程空面巡航导弹集成在B-2A隐身轰炸机以及B-1B超音速战略轰炸机上，美国空军则还要付出一笔不菲的改装费，而且挂载数量还不及B-52。因此，B-2A隐身战略轰炸机同样无法挂载和发射AGM-86远程空面巡航导弹。