据韩联社报道，当时朝鲜船员身穿防护服，头戴防毒面具，在远处询问了这名韩方人员的相关情况，但稍后接近这名韩方人员并将其枪杀，还将其尸体浇上汽油焚烧。

韩国参谋长联席会议官员表示，有间接证据可以表明，这名韩国渔政公务员试图叛逃至朝鲜。官员说："我们认为他自愿越境的可能性很大，因为他在下船前穿了救生衣并脱了鞋。我们的情报显示，他向朝方表达了叛逃的意图，目前我们正调查他的确切动机和其他情况。"

但是，今年6月，韩国国防部又声称，未发现李某叛逃的确凿证据。

此后，事件开始向前政府高官的政治丑闻的方向发展。

据《朝鲜日报 》报道，7月6日，韩国国情院告发前国情院长朴智元擅自删除"西海公务员被击毙事件"相关情报报告等。当时，国情院在朴智元的指示下，故意遗漏了包含被害公务员并非主动"越北"情况等的特殊情报，误 导了调查。

7月8日，被害西海公务员遗属向检察提交了朴智元的拘留申请，并以滥用职权、损坏公用电子记录等罪名告发前国防部长徐旭。认为徐旭等人参与了删除与故人死亡相关的特殊情报等，含有监听情报的军事机密的行为。