“伊斯坎德尔”-M所使用的9M723导弹采用复合制导方式：惯导+卫星导航，而末端制导方式有三种选择，包括雷达末制导、图像匹配制导和光学制导，命中精度在30米（CEP）以内，具备很强的精确打击能力。

在俄乌冲突中，俄军广泛使用该导弹对乌高价值目标进行突击，其打击精度和突防能力给外界留下了深刻印象，尤其是其导弹自身携带干扰弹引起了外界的关注。一般来说，内部空间比较大的中远程或洲际导弹为提高突防能力，有配备诱饵弹，而短程战术弹道导弹空间有限，通常通过弹头与弹体分离、机动变轨和喷涂隐身涂料等方式提高突防能力，很少携带诱饵弹。而“伊斯坎德尔”-M导弹却配备了诱饵弹。根据乌军展示的诱饵弹，一枚“伊斯坎德尔-M”导弹可以装载至少6个诱饵，这些诱饵插入位于弹体底部发动机周围。这些诱饵似乎至少有两种不同的对抗措施：一种是干扰机，干扰雷达频率的发射器，另一种诱饵使用热源干扰红外制导导弹。这也就解释了虽然乌军装备了具备反导能力的S-300V和S-300PS防空导弹，但却没有拦截弹道导的战果。

在“伊斯坎德尔”导弹系统后期发展过程中，俄罗斯将9M728和9M729巡航导弹也集成到该系统，称为“伊斯坎德尔”-K陆基巡航导弹，该导弹也在此次俄乌冲突中广泛使用。

乌军展示“伊斯坎德尔”-M导弹的诱饵弹。

“伊斯坎德尔”-K陆基巡航导弹又被称为俄版“战斧”，导弹外形与美国“战斧”巡航导弹非常类似，头部采用卵形弹头，圆柱形弹体“一”字形中单翼采用可折叠设计，后面串联一个固体助推器。9M729导弹是9M728导弹的现代化升级版，据称增加了弹头的重量和改进型制导系统，命中精度更高。俄军方表示，两种导弹射程约为490千米。导弹采用惯导+地形匹配+卫星制导+末端景象匹配制导的复合制导方式，打击精度命中精度在10米以内，具备很强的精确打击能力。