静冈大学教育学部综合科学课工作人员小山雅人的研究显示，近2000年里，富士山喷发的可靠记录共有10条，有一定可信度的喷发记录有6条，并且从未在山顶喷发，而是从侧面和山脚下形成的喷火口喷发。

据《日本纪略》记载，富士山曾在800年发生大喷发。“自去三月十四日迄四月十八日、富士山巅自烧、昼则烟气暗瞑、夜则火花照天、其声若雷、灰下如雨、山下川水皆红色也。”

864-866年，富士山发生了有记载最为严重的喷发。距山顶西北方向10公里处出现裂缝并形成新火山口，喷发大量火山灰。大量岩浆奔流而下，改变了附近西湖和精进湖周围地形，沿途动植物、房屋被焚毁。

之后，富士山还发生过几次小规模喷发。上次大规模喷发，还是在江户时代的宝永四年（公元1707年），距今已300多年。

当时，一场大地震（如今推算为8.6级）造成日本数万人死亡、数万间房屋倒塌。震后40余天，富士山山麓发生余震，东南方向的山腰上新出现3个火山口，持续16天喷出石块和火山灰。临近地区降灰量超3米，今神奈川县横滨市、相模原市等地降灰量超10厘米，今东京都附近也有4厘米降灰。这次喷发虽未流出熔岩，却在富士山山腰处留下一个大坑（即最大火山口）。

实际上，从喷发的频率和破坏性来看，富士山并不是日本最危险的活火山。根据日本对火山喷发警戒等级划分，因此前长期没有喷发过，日本对富士山的喷发警戒等级为最低的1级，即“留意该火山为活火山”。

近些年，位于鹿儿岛县和宫崎县境内的新燃岳火山、鹿儿岛县樱岛火山和熊本县阿苏山，都比富士山活跃得多。

2018年3月，新燃岳火山时隔7年再次爆炸性喷发，喷出浓烟高达3000米。此后，新燃岳活动愈加频繁，到4月初已发生近50次喷发，大块石渣从火山口飞出，烟尘高至8000米。日本气象厅将火山喷发警戒等级维持在3级（实行进山限制），并呼吁民众注意火山口周边3公里范围内的大块飞石，以及2公里范围内的火山碎屑流。