在下水一个月又一周后，“肯尼迪”号航母于2019年12月7日在纽波特纽斯造船厂举行命名受洗仪式

然而延迟还在继续，2020年11月，美国海军发布了一项合同修改，宣布将“肯尼迪”号的“双阶段”交付模式“回滚”为传统的“单阶段”，使得“肯尼迪”号的预计交付再次延期至2024年6月。所谓“双阶段”交付，就是“福特”级首舰CVN-78“杰拉尔德·R·福特”号在2017年宣布服役时，仅完成了大部分的舰体、动力和作战设备系统安装，具备基本作战能力，这一模式可以让“福特”号及时填补“企业”号退役时的空缺，规避可能延迟交付导致的“违法”风险（美国法律规定美国海军航空母舰不得低于11艘），代价是一些计划中的完整作战能力需要后续返厂测试、调整和修改升级才能实现，比如F-35C舰载战斗机的舰上运用、EASR双波段雷达的完整功能等，由于“双阶段”交付模式的实际效果不佳，因此“肯尼迪”号再次改回将绝大多数工作移至交付前进行的“单阶段”模式。

然而这一节点也仍然在2023年被打破了，当年发布的美国海军2024财年预算文档中已经明确承认，将从2024年6月继续推迟至2025年7月。2024年2月，“肯尼迪”号开始在舾装码头上进行静态滑车弹射试验，成为了继美国海军“福特”号（2015年6月）和中国海军福建舰（2023年底）之后，世界上第三艘启动舰上电磁弹射器的航母。

2024年2月，“肯尼迪”号（画面左侧）开始进行舰艏弹射器静态弹射测试，注意其左舷方向画面右侧等待拆解的“企业”号

然而到了今年4月，由于弹药升降机、飞机弹射和拦阻系统仍存在长期未解决的“关键挑战”，2025年交付的希望也成了泡影，而今年夏天发布的美国海军2026财年预算文件则再次承认，“肯尼迪”号的交付进一步推迟到了2027年3月，以确保完成“先进拦阻装置”（AAG）的认证工作和继续推进“先进武器升降机”的安装调试。