更重要的是，引进S-400系统已经被认为是土耳其坚持自主国防的象征。土耳其长期不满在安全事务上完全受制于北约，埃尔多安政府将采购S-400视为实现国防自主、摆脱西方单一武器来源的标志。特别是在2016年未遂政变中，埃尔多安政府认为美国方面的态度暧昧，更直接影响了土美关系。

然而美国对于土耳其不顾美方反对，坚持采购俄制防空系统的做法极为愤怒。五角大楼官员认为，作为北约成员国，土耳其部署俄制远程防空系统，打破了北约的武器协同原则，引发安全信任危机。还有美国情报分析师认为，S-400系统能秘密收集土耳其空域的北约军用飞机的信号，并转交给俄罗斯。

因此从2019年7月土耳其接收首批S-400防空系统以来，美国对土耳其国防工业实施了多次制裁。根据美国国会通过的《以制裁反击美国敌人法案》，美国不但宣布终止交付土耳其采购的100架F-35，还将土耳其企业从该战斗机生产合作伙伴中除名。根据土耳其的说法，土耳其作为F-35项目的“三级合作伙伴”，不但承担了部分研发成本，此前还为采购F-35战斗机向美国支付了约14亿美元。美国对土耳其实施制裁后，参与F-35零部件生产的多家土耳其企业不但蒙受了巨额损失，而且已经支付的14亿美元也被冻结在该项目框架内，美国既没有交付战斗机也没有退款。土耳其多次要求美国返还预付款，或提供其他武器（如F-16V新型战机、升级现有F-16机队）作为补偿，这也是近年美国和土耳其谈判的重点。

然而美国的态度是，只要土耳其不肯放弃S-400系统，就将坚持对土耳其的防务制裁。2021年10月，土耳其向美国申请采购价值60亿美元的F-16战斗机。俄乌冲突爆发后，埃尔多安表示支持瑞典和芬兰加入北约，作为回报，时任美国总统拜登曾公开表示，支持向土耳其出售F-16战斗机，他还称“有信心”得到国会的批准。但最终美国国会通过的《2023财年国防授权法》禁止美国向土耳其出售或转让F-16战机。

五角大楼还曾与土耳其政府进行了“长时间谈判”，要求土耳其把S-400派遣到乌克兰支持基辅，作为回报，美国将允许土耳其重新加入F-35隐形战斗机计划，并取消美国对土耳其的制裁。但埃尔多安后来表示，所谓安卡拉可以通过向乌克兰提供S-400导弹系统来换取解除对其制裁的说法，只是华盛顿针对安卡拉的一种“策略”，只是为了给土耳其“制造麻烦”。