除了无人机外，中山科学研究院同时也负责研制台军各型自制导弹。例如为台空军研制的“天剑2”中程空对空导弹，它采用主动雷达制导，射程约100公里，除了装备“经国号”战斗机外，目前还发展出陆基和海基发射版本，已经成为台湾三军通用的对空导弹。

台湾海军的“雄风”系列反舰导弹也是中山科学研究院的产品。其中“雄风-2”属于亚音速反舰巡航导弹，性能与美国“鱼叉”反舰导弹类似；“雄风-3”是最大速度达3马赫的超音速反舰导弹，改进型射程达400公里。它们已经广泛装备台湾海军的护卫舰和导弹艇以及岸基“海锋大队”。中山科学研究院还研制了“天弓”系列反导系统，其中最先进的“天弓-3”号称性能接近美制“爱国者”反导系统，能够拦截中近程战术导弹。此外作为台军“战略撒手锏”的“雄风-2E”巡航导弹和尚未正式公开的“云峰”超音速巡航导弹的最大射程超过1000公里，同样出自中山科学研究院之手。

台军“天弓-3”防空导弹

尽管台军三令五申要求“排除大陆供应链”，但中山科学研究院作为台军现役主力装备的研制单位，却频繁爆出采购大陆制品的消息。例如2022年台军就发生过代理商用淘宝二手货冒充“天弓”导弹美国原厂配件的弊案。2023年，台军又发现“雄风-3”导弹生产线上用于精度校验弹体、发射箱的经纬仪，原本应送到瑞士原厂维修，结果修好送回后发现发货地址竟然是山东青岛，搞得台军紧急对送修装备进行“泄密调查”。2024年3月，台媒又披露中山科学研究院生产的“天剑”“天弓”“雄风”系列导弹，所采用的火箭发动机固体燃料其实是“不良中间厂商”从大陆采购的。2025年2月，中山科学研究院生产的“宽频通信机保密器”主要用于台军“炮兵指挥部”、九鹏导弹试验基地等要害部门，结果被发现该设备大量采用大陆制品。