尽管如此，多年来台军和当地民众仍是冲突不断。据台湾《联合报》报道，今年10月新竹市空军基地战机起降带来的发动机噪音很大，根据“军用机场噪音防治补偿经费分配使用办法”，第一级噪音日夜音量60-65分贝补偿2万元新台币，第二级65-75分贝补偿2.5万元，第三级75分贝以上补偿3万元。但居民抱怨每年补助预算有限，且十多年下来，第二级包括旧港里等多个里都还在等补助。“立委”郑正钤称，新竹市共有近5万户位于噪音防治区，截至去年年底还有近4万户等待补偿。今年台“国防部”的补助预算是6355万元新台币，规划执行补偿2067户，“按今年标准来看，还要19年才能把剩下3万多户补偿发完，居民不满‘飞机吵了一辈子，补偿等了一辈子’”。

2017年9月，位于屏东县车城乡的三军联训基地因长年演习，对当地居民造成噪音、震动、房屋龟裂及尘土等困扰。由于台军方的睦邻经费只能用在公共用途，如修路、铺设水沟等，当地居民认为欠缺对个体实质补助，未能实际填补训练基地带来的困扰。于是，不少民众趁着基地训练，走到基地附近拉起写有“炮火下的无奈和惊恐”“房屋龟裂无处求偿”等横幅抗议。

台军训练使当地民众愤怒，不仅因为噪音，还因生计受到影响。恒春半岛东侧的满州乡港仔村和牡丹乡旭海村都是以渔业为生，主要捕捞季节在每年3月到8月。由于火炮和导弹都朝向海面数十海里方向发射，当地鱼群收获数量大减，渔民为此数次抗议。