大陆政策有许多直接涉及当局所谓“国家”安全，依台当局沿用的所谓“《中华民国宪法》”规定，此一部分系属所谓“总统”的职权，其馀则悉由所谓“行政院”及所属机关负责推动。因此，政府大陆工作体系包括“总统”、“行政院”及各相关部会。

“总统府”除“总统”、“国安会”依法对重大之政策行使决策权外，另总统亦依职权，设置必要的政策谘询机构。在两岸有关问题上，设有国统会和跨党派小组。

“国统会”由朝野各界代表所组成，向“总统”提供大陆政策相关之谘询及研究意见，为谘询性质的任务编组。

跨党派小组以凝聚全民共识、促进族群和谐、维护台海和平及发展两岸关系为目的之谘询机构。由“总统”延聘社会各界具代表性人士参加，系“总统”依职权设置的谘询机制。

一般政策之决策与执行体系

“行政院”负责一般性大陆政策之决定与执行，在决策过程中，由各机关依其职权承担幕僚业务，由陆委会综合协调、审议；经作成决策后，仍交由各部会执行。

陆委会负责全盘性大陆政策及大陆工作的研究、规划、审议、协调及部分跨部会事项之执行工作，并依所谓“宪法”规定对“立法院”负责。

各“部会”从事主管业务有关之大陆政策与大陆工作的研究、规划与执行事项。

海基会接受台湾当局委托，处理两岸民间交流涉及公权力之相关服务事宜，并向“政府”提供实务上之建议，作为决策之参考。