Flight 2A仍继续使用SQS-53C舰首声呐，SQR-19线列阵声呐则由于成本控制而删除。原Flight 1/2的鱼雷管位于舰尾01甲板垂直发射器两侧，而Flight 2A增设机库之后，后方VLS提高到02甲板，而此一甲板面积显得拥挤，因此两座MK-32鱼雷发射器被挪到二号烟囱两侧的甲板，位于海上补给作业区与小艇挂架之间；然而，Flight 2A的鱼雷库仍在直升机库前方甲板上，与鱼雷发射器相距太远且高出整整一层甲板，也不可能设置任何再装填辅助机构，这导致鱼雷再装填必须依赖麻烦、费时且危险性高的远距离人工搬运。为了解决这个问题，从平克尼号（DDG-91）开始又把鱼雷发射器移到机库顶部垂直发射器的两侧，拉近与鱼雷库的距离。
从小罗斯福号（USS Roosevelt DDG-80）起，伯克Flight 2A换装炮管加长且具有隐身型炮塔的MK-45 Mod4 127mm/62倍径舰炮，可发射射程117km的EX-171增程GPS制导炮弹（ERGM）攻击陆上目标，换装SH-60R反潜直升机，并预计换装LASM对地标准导弹（遭到取消）、NFCS等。从麦坎贝尔号（USS McCampbell DDG-85）开始，伯克Flight 2A的舰炮火控系统引入了美国科尔摩根（Kollmorgen）MK-46 Mod1光电火控系统，由CIC的AN/UYQ-70显控台控制，能监视海面、全天候识别不明目标并控制火炮进行攻击。
战斗系统方面，伯克Flight 2A的宙斯盾版本从Baseline 6起跳，主要变革在于首次大规模引进商规组件（即UYQ-70开放架构先进显控台与同系列计算机台等）、光纤局域网络等；同时，由于搭载SH-60B反潜直升机，反潜作战系统也改成包含LAMPS III的SQQ-89（V）10（不含SQR-19线列阵声呐），其SQS-53C声呐增加了水雷探测能力。DDG-79~84使用的宙斯盾系统为Baseline 6.1，DDG-85~87使用Baseline 6.2，DDG-88~90则为Baseline 6.3；从Baseline6.3起，增加协同作战能力（CEC）与反弹道导弹（TBMD）能力，兼容海军战区弹道导弹防御系统（NAD）的SM-2 Block 4A。
